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4灯式のヘッドライトを含めて、灯火類はすべてLED。ウインカーを内蔵するバックミラーの視認性は非常に良好だが、左右への張り出しが大きいので、市街地走行では少々気を遣うことになりそうだ。
多機能LCDメーターはネガポジ反転表示。178万2,000円という車両価格を考えると、もう少し高級感が欲しいけれど、このメーターは車体の軽量化に大いに貢献。左上には12V電源のジャックを装備する。
約300kmの航続距離を想定した、容量18Lのガソリンタンクはアルミ製。現在のヤマハが販売する公道用車両で他にアルミタンクを標準装備するのは、スーパースポーツのYZF-R1/M/R6くらいである。
MT-09用をベースとする並列3気筒エンジンは、キャラクターを大幅に変更。加速感重視でシャープな特性だったMT-09 とは異なり、ナイケンは一定開度で行うまったり巡航が心地いい特性になっている。
シートは前後分割式。座面がフラットなメイン部は、自由度が相当に高いうえに、幅が広めに設定されているのでかなり快適。タンデムシート下にはETCユニットが収まりそうなスペースが設けられている。
左右ステップはスポーツライディングとロングツーリングの両方に対応する、絶妙な位置に設置されている。シフトロッドの途中には、クイックシフトシステム用のセンサーを装備。
4本のフォークはいずれもφ43mm倒立式で、後方の2本は伸圧ダンパー調整機構を装備。フロントブレーキはφ298mmディスク+ラジアルマウント式4ピストンで、15インチホイールは専用開発品。
試乗車の前後タイヤはブリヂストンA41。リアサスはリンク式モノショックで、プリロードはリモートアジャスターで簡単に調整可能。リアブレーキディスクは一般的なロードバイクより大き目のφ282mm。