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6代目となる2009年型YZF-R1は5代目からも一新。超越コーナリングマシンを目指し、トルク変動を抑えるべく4気筒の1-2/3-4番クランクピン位置を90度移相し、270-180-90-180度の不等間隔爆発を得た「クロスプレーン型クランク」や、径36mmクランクジャーナル採用のエンジンは9度起こして31度前傾で搭載している。

2006年型は2004～2005年型の熟成版だ。エンジン面の変更はポート形状や燃料噴射マップの見直しなどに留め、車体は初期型以来の軸間距離1,395mmを1,415mmに延長（リアアームは581から697mmに）、エンジンマウントやフォーク剛性の見直しも行っている。

YZF-R1も2年に1度の変更が定着。全面新設計となった2004年型は、ストリートスポーツとしての機能を追う一方で、スーパーバイク選手権への参戦を睨んで登場した。初期型以来不変だったボア×ストロークを大幅にショートストローク化し、インジェクションシステムを負圧ではなく通常型＋サブバルブ式に改めたエンジンは、排気量をそのままに20ps出力向上を実現した。

2002年型となる3型は、多くの新作部品が採用されている。ねじり剛性を30％高めたデルタボックスIIIフレームをはじめ、左右非対称スイングアーム、ピストンリング、シリンダー素材の改善で耐久性を高めたエンジン、負圧式キャブレターからサクションピストン付きフューエルインジェクションに変更された吸気系など様々なカ所が刷新されている。

サイドカムチェーンDOHC5バルブ並列4気筒、デルタボックスIIフレーム、公称582mmのロングリアアーム、スミトモ製モノブロックキャリパーなどの基本設計に変更はなく、諸元上の数値も乾燥重量2kg減以外は変更がないように見えるが、2000年型となる2型では150項目にも渡る改良が施されており、部品点数では250以上の変更が図られている。

ヤマハ初のリッタースーパースポーツR1シリーズは、「ツイスティロード最速」を目標に生まれた。クランク、ミッションメイン、同カウンターの3軸を1,000ccクラスで初めて三角形配置（750では1996スズキGSX-R750が初）としたモデルだ。

MotoGPマシン『YZR-M1』の技術と設計思想を反映するスーパースポーツモデル。クロスプレーン型のクランクシャフトに加えトラクションコントロールシステムも採用。

1985年型FZ750以来の5バルブに換えて新設計4バルブエンジンを積み全面変更を図った2007年型。チタン製吸気バルブ、ライダーの操作をデジタル化した上で作動する電子制御スロットル、可変式エアファンネルなど、パワーユニット面は多数の変更が加えられている。

ヤマハは「YZF-R1（2015 年海外向けモデル）」がドイツの国際的なデザイン賞である「German Design Award」のトランスポーテーション部門で優秀賞にあたる「Winner」を初受賞したことを発表

国土交通省では、プレストコーポレーションが2015年12月14日に届け出たYZF-R1のリコール情報（外-2277）を掲載している

これまでのYZF-R1が公道を軸足としてきたのに対し、この2015年新型はサーキットに軸足があるという。その走りは、そうした取り組みを証明するかのように、まさに衝撃的なものだった。

ヤマハは、YZF-R1のグラフィックを変更した2014年モデルを発表。2014年１月27日から発売する。

ヤマハは、YZF-R1に新グラフィックを採用した2013年モデルを発表した。発売は１月30日（水）からとのこと。

モトGPマシン直結のテクノロジー、クロスプレーン型クランクシャフトを採用した、ヤマハ最速のリッター・スーパースポーツ。2012年モデルからはトラクションコントロールも装備し、ますますポテンシャルアップ。

ヤマハは、YZF-R１の2012年モデルとロードレース世界選手権参戦50周年記念カラーを施された120台限定モデルを発表した。

MotoGPマシン直系とも言えるヤマハ・スーパースポーツのフラッグシップモデル。 クロスプレーン型クランクシャフトなどの先進技術を投入したヤマハ渾身の1台。

ヤマハ発動機株式会社から、“クロスプレーン型クランクシャフト”などの最先端技術を投入することでリニアなトラクション特性を引き出し、コーナリング性能を向上させた1,000ccスーパースポーツ「YZF-R1」が国内向けモデルとして、2009年6月15日より発売される。

YZF-R1Mはオーリンズの電子制御サスをはじめ、数々の豪華アイテムを導入したYZF-R1のハイグレードモデル。ドライカーボンのフロントフェンダーやカウル、GPSロガー機能なども装備。

YZF-R1はクランクピンの位相を90度ずつずらしたクロスプレーンエンジン搭載のスーパースポーツ。2018年型では、クラッチ操作なしでシフトダウンが可能となったクイックシフトを採用。

この2002年型YZF-R1はもう10年以上、多くのUSスタイルカスタムを手がけてきたスティルローリン製。パッと見は今作られた車両にも見えるが、実は5年超前に作られたものが改めてカスタムされたという。

ヤマハはサーキット走行専用モデル「YZF-R1レースベース車」を販売

ヤマハは同社がスポーツバイクに実用化している各種軽量化技術が一般社団法人軽金属学会による第51回「小山田記念賞」を受賞したことを発表

「このYZF-R1は、今から3～4年前にデモ車として作ったんですよ。ベースは2006年式で、それに各年式のR1パーツやスーパーバイク用パーツなんかを組んで、さらに軽量化、操縦性もとても良くて、じつに楽しいバイクになった。」